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Nos groupes de recherche sont dirigés par des chercheuses et chercheurs principaux qui collaborent dans un esprit de collégialité et de partage pour rapprocher la recherche des patients et patientes et former la relève scientifique. Ce sont des esprits libres et indépendants qui travaillent sans relâche pour améliorer la santé. Découvrez les chercheurs et chercheuses de l'IRCM.
Marie Kmita, directrice de recherche
L’unité de recherche en génétique et développement s’intéresse au contrôle génétique du développement embryonnaire des vertébrés. Les travaux de recherche développés par son unité portent en particulier sur la famille des gènes Hox dont des anomalies de fonctionnement ont été associées à de nombreuses pathologies génétiques humaines.
L’objectif de l’équipe de recherche de Marie Kmita est de comprendre les mécanismes qui contrôlent l’expression des gènes Hox, leurs implications sur le développement de l’embryon et sur l’évolution morphologique des vertébrés. Les études sont basées sur une combinaison d’approches génétiques et génomiques, et utilisent principalement la souris comme modèle d’étude.
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1. Architecture de la chromatine et régulation Hox.
L’organisation en 3D du génome est étroitement associée à la régulation de gènes. Que ce soit la cause ou une conséquence d’amplificateurs/activité des gènes reste matière à débat . Notre laboratoire étudie les mécanismes qui changent l’architecture 3D de la chromatine et leurs effets sur la régulation des gènes Hox. Afin de répondre à cette question, nous utilisons le développement de membres comme système modèle et nous nous concentrons principalement sur la régulation de la famille de gènes HoxA. Auparavant, nous avons montré que l’expression de HoxA dans le domaine des phalanges présumées est associée aux contacts amplificateur-promoteur spécifiques aux tissus, dont certains sont indépendants de l’activité de l’amplificateur. (Berlivet et al., PLoS Genetics 2013). Ce travail était fondé sur des essais dérivés de la capture de conformation de chromosome (notamment 5C), en collaboration avec le Dr Dostie (Université McGill), qui mesure la fréquence de contacts physiques entre des locus génomiques éloignés in vivo (Dostie et Dekker, Nature Protocols 2007). De plus récents travaux de notre laboratoire démontrent que la liaison dynamique des protéines du Polycomb Repressive Complex 2, retrouvée dans les membres en développement, contribue à la répression de Hox par liaison directe aux promoteurs Hox, et module les contacts ADN-ADN de longue portée, favorisant de manière inattendue les interactions entre les gènes permissifs HoxA et un sous-groupe d’amplificateurs actifs. (Gentile et al., Developmental Cell 2019). Les projets de recherche en cours ont pour but de comprendre comment les changements d’architecture 3D de la chromatine sont implémentés au cours du développement embryonnaire.
2. Les facteurs de transcription HOX et l’accessibilité à la chromatine.
La manière dont les cellules se différencient de façon spécifique au cours du développement embryonnaire est une question centrale en biologie du développement. Des études qui visaient à comprendre les mécanismes sous-jacents au changement des cellules progénitrices aux cellules différenciées ont démontré l’existence de facteurs de transcription (FTs) capables de provoquer l’accessibilité à la chromatine. Ces FTs spécifiques, nommés acteurs pionniers, induisent l’activité des amplificateurs de transcription et des gènes en les rendant accessibles à d’autres FTs et à la machinerie transcriptionnelle. Notre travail sur l’activité transcriptionnelle de HOXA13 et HOXD13 lors du développement des membres, démontre que ces deux FTs sont nécessaires pour la transition du programme précoce de développement du membre au programme tardif/distal (Sheth et al., Cell Reports 2016). Nos données les plus récentes montrent que l’accessibilité de la chromatine, au niveau d’une série d’amplificateurs qui contrôlent des gènes associés au développement/structuration des phalanges, nécessite la fonction HOX13 pour finalement permettre la liaison d’autres facteurs HOX à ses amplificateurs. (Desanlis et al., Nature Communications 2020). Notre laboratoire cherche actuellement à comprendre dans quelle mesure cette activité « pionnière » est commune à d’autres facteurs de transcription HOX et comment l’accessibilité à la chromatine dépendante de HOX13 est atteinte.
3. Gènes Hox et nouveautés morphologiques.
La diversité morphologique parmi les animaux et son avantage adaptatif selon l’habitat sont fascinants. Une telle diversité est associée aux modulations de la régulation et des fonctions génétiques du développement. Nous utilisons l’émergence des phalanges, qui caractérise la transition des nageoires aux membres, comme système modèle afin d’approfondir notre compréhension des changements dans la régulation et les fonctions des gènes Hox dans le contexte de l’émergence de nouvelles caractéristiques morphologiques, lors de l’évolution. Par exemple, notre étude sur la régulation de Hoxa11 a révélé que le changement dans la régulation de Hoxa11, qui distingue les poissons des vertébrés à membres, est associé à l’état pentadactyle (cinq doigts par membre) de la plupart des vertébrés modernes possédant des membres, et est probablement sous-jacent à la transition de polydactylie (plus de cinq phalanges par membre) chez nos ancêtres à la pentadactylie (Kherdjemil et al., Nature 2016).
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