Projet de recherche - Régulation de l’expression génique (I)

Sujet de recherche : L’usage du séquençage de longs fragments pour l’étude des empreintes des complexes protéiques sur la chromatine à l’échelle des cellules individuelles

Résumé du projet 

La liaison des protéines à des sites spécifiques sur l'ADN est un aspect fondamental des processus nucléaires tels que l'expression des gènes, la réplication de l'ADN, la réparation de l'ADN, etc. Un certain nombre de techniques telles que ChIP-seq, DNase-seq, FAIRE-seq et autres sont utilisées pour cartographier les interactions protéine-ADN à l'échelle du génome. Ces méthodes, cependant, ne nous renseigne que sur la moyenne des mesures sur une population de cellules. Ces méthodes sont donc incapables de révéler l'hétérogénéité des interactions protéine-ADN présente d'une cellule à l'autre et fournissent des informations très limitées sur la relation entre les interactions voisines sur la même molécule. L'objectif principal du projet proposé est de surmonter ses limitations en développant une technique permettant de générer de longues empreintes à haute résolution des liaisons protéine-ADN au niveau de molécules uniques dans des cellules vivantes. La méthode à développer tirera parti d'une technique de séquençage récente appelée « séquençage SMRT » de PacBio.

Sommaire des responsabilités

Le projet utilise Saccharomyces cerevisiae comme organisme modèle et combine l’usage de technologies de pointes en génomique avec des approches de biochimie et de biologie moléculaire. L’étudiant sera en charge de l’exécution de la très grande majorité des expériences et de leurs analyses et sera supporté dans son apprentissage par François Robert et les membres de son laboratoire. Le candidat bénéficiera également de l’expertise des nombreux plateaux technologiques de l’IRCM.

Publications récentes sélectionnées

  • Uwimana N, Collin P, Jeronimo C, Haibe-Kains B, Robert F. (2017) Bidirectional terminators in Saccharomyces cerevisiae prevent cryptic transcription from invading neighboring genes. Nucleic Acids Res. 2017 Jun 20;45(11):6417-6426. 
  • Jeronimo C, Langelier M-F, Bataille AR, Pascal JM, Pugh BF, Robert F. (2016) Tail and Kinase modules differently regulate core Mediator recruitment and function in vivo. Mol Cell. 2016 Nov 3;64(3):455-466. doi: 10.1016/j.molcel.2016.09.002. Epub 2016 Oct 20.
  • Jeronimo C, Watanabe S, Kaplan CD, Peterson CL, Robert F. (2015) The Histone Chaperones FACT and Spt6 Restrict H2A.Z from Intragenic Locations. Mol Cell. 2015 Jun 18;58(6):1113-23.

Qualifications requises

Nous sommes à la recherche d’individus motivés avec un intérêt particulier pour la compréhension des mécanismes moléculaires. Des compétences en biologie moléculaire et/ou en biochimie sont essentielles. Une certaine base en informatique et/ou en statistique constitue un atout, bien que non-essentielle.

Conditions d'emploi

Entrée en fonction dès que possible. Seuls les candidats avec un fort dossier académique seront considérés.

Comment postuler

Faire parvenir votre candidature à François Robert, directeur de l'unité de recherche en chromatine et expression du génome.

François Robert
Directeur d'unité de recherche
Téléphone :
514 987-5737