Projet de recherche - Régulation de l’expression génique (II)

Sujet de recherche : Construction d'une carte haute-résolution des interactions protéiques le long du CTD de l'ARN polymérase II

Résumé du projet

L'ARN polymérase II, l'enzyme responsable de la transcription des pré-ARNm et de la plupart des ARN non codants chez les eucaryotes, contient un domaine carboxy-terminal (CTD) constitué de répétitions d'un heptapeptide ayant YSPTSPS comme séquence consensus. Ce peptide est répété 26 fois chez la levure et 52 fois chez l'homme. Le CTD est unique à L'ARN polymérase II et n'est donc pas présent sur les autres ARN polymérases. Le CTD est essentiel à la viabilité cellulaire. La tyrosine (Tyr1), la thréonine (Thr4) et les trois sérines (Ser2, 5 et 7) de chaque répétition sont soumises à un cycle de phosphorylation et de déphosphorylation pendant la transcription, créant un nombre astronomique d’états de phosphorylation combinatoire possibles que l’on pense constituer un « code CTD » lu par des protéines liant le CTD. En effet, chaque résidu de CTD a un patron de phosphorylation distinct le long des gènes et ceux-ci sont souvent corrélés avec le recrutement co-transcriptionnel de protéines liants le CTD. Parmi les questions les plus chaudes à l’heure actuelle on, dénote :

  1. de savoir si les différentes répétitions du CTD ont des fonctions spécifiques;
  2. si le « protéome du CTD » forme une structure organisée ou consiste plutôt en des interactions très dynamiques de faible affinité et de haute valence.

Dans ce projet, nous proposons d’utiliser une technique de pontage moléculaire utilisant le BPA pour créer une carte haute-résolution de la liaison des protéines le long du CTD dans des cellules vivantes. Le projet permettra ainsi de mieux comprendre les fonctions de différentes répétitions du CTD.

Sommaire des responsabilités

Ce projet tire profit de manipulations astucieuses du code génétique de Saccharomyces cerevisiae pour introduire un acide aminé modifié (BPA) pouvant induire des pontages avec de protéines voisines dans des régions spécifiques du CTD dans des cellules vivantes. Cette approche sera utilisée en combinaison avec des technologies de pointe en protéomique et des méthodes standard de biochimie et de biologie moléculaire. L'étudiant sera responsable de l'exécution et de l'analyse de la grande majorité des expériences du projet et sera assisté dans sa formation par François Robert et des membres expérimentés du laboratoire. L'IRCM compte plusieurs plateaux technologiques qui améliorera l'expérience de formation du candidat.

Publications récentes sélectionnées

  • Collin P, Jeronimo C, Poitras C, Robert F. (2018) RNA Polymerase II CTD Tyrosine 1 is Required for Efficient Termination by the Nrd1-Nab3-Sen1 Pathway. Under review.
  • Jeronimo C, Collin P, Robert F. (2016) The RNA Polymerase II CTD: The Increasing Complexity of a Low-Complexity Protein Domain. J Mol Biol. 2016 Jun 19;428(12):2607-2622. 
  • Bataille AR, Jeronimo C, Jacques PÉ, Laramée L, Fortin MÈ, Forest A, Bergeron M, Hanes SD, Robert F. (2012) A universal RNA polymerase II CTD cycle is orchestrated by complex interplays between kinase, phosphatase, and isomerase enzymes along genes. Mol Cell. 2012 Jan 27;45(2):158-70.

Qualifications requises

Nous sommes à la recherche d’individus motivés avec un intérêt particulier pour la compréhension des mécanismes moléculaires. Des compétences en biologie moléculaire et/ou en biochimie sont essentielles. Une certaine base en informatique et/ou en statistique constitue un atout, bien que non-essentielle.

Conditions d'emploi 

Entrée en fonction dès que possible. Seuls les candidats avec un fort dossier académique seront considérés.

Comment postuler

Faire parvenir votre candidature à François Robert, directeur de l'unité de recherche en chromatine et expression du génome.

François Robert
Directeur d'unité de recherche
Téléphone :
514 987-5737