Acrobaties conformationnelles de chromosomes entiers au cours du développement

Ahilya Sawh, PhD
Stagiaire postdoctorale
Biozentrum
Université de Bâle
Bâle, Suisse

Cette conférence s'inscrit dans le cadre de la série de Séminaires des scientifiques en formation de l’IRCM, une initiative résolument novatrice, dont la mission est de mettre de l’avant des scientifiques en début de carrière. Voici ici une occasion en or pour venir découvrir les projets passionnants de ces chercheurs en formation devant un auditoire multidisciplinaire.

Lien Zoom : https://zoom.us/j/95269762104
ID : 952 6976 2104
Code : 476372

À propos de la conférence : 
Le génome est organisé de manière ordonnée et sur plusieurs niveaux, des nucléosomes à l’échelle des chromosomes. De nombreuses maladies et aberrances du développement impliquent des défauts au niveau de cette organisation. Toutefois, les mécanismes sous-jacents et les conformations fréquentes in vivo, de même que leur mode de formation, sont peu connus. Mon programme de recherche vise l’étude des formes et des fonctions de l’organisation du génome, à l’échelle des cellules individuelles et avec haute résolution spatiotemporelle, grâce à de nouvelles approches computationnelles et d’imagerie à super-résolution. J’ai développé une technique multiplexe et à haut débit d’hybridation in situ fluorescente (FISH) à l’ADN, afin de tracer le contour des chromosomes et de sonder la dynamique de leurs conformations au cours du développement de C. elegans. Le traçage des chromosomes permet la localisation simultanée de milliers de cibles marquées par fluorescence afin de cartographier l’architecture des chromosomes. J’ai observé que les chromosomes embryonnaires précoces forment des configurations inattendues, semblables à des haltères, où les domaines épigénétiques similaires sont ségrégés. Ces formes sont remodelées au début de la gastrulation et de l’activation du génome zygotique pour regrouper dans l’espace les régions inactives du génome, sur de grandes distances. Via le regroupement non supervisé de chromosomes individuels, j’ai identifié une sous-population de chromosomes définis par des différences au niveau de leur association à la lamina, de leur repliement biophysique ainsi que de la force et du positionnement des compartiments, suggérant des divergences majeures quant aux profils épigénétiques et transcriptionnels. De plus, j’ai découvert que la lamina joue un rôle topologique dans l’étirement systématique des chromosomes, l’augmentation de leur hétérogénéité structurelle et l’affaiblissement des compartiments. Mes travaux mettent en évidence une dynamique inattendue de type « va-et-vient » au niveau de la conformation des chromosomes, entre l’état épigénétique et l’adhérence à la lamina, et offrent une base solide pour une éventuelle dissection fonctionnelle du génome en 3D au cours du développement et en contexte de maladie.

À propos de Ahilya Sawh : 
La Dre Ahilya Sawh détient un doctorat en biochimie de l’Université McGill et poursuite actuellement sa formation postdoctorale au sein du laboratoire de la Dre Susan Mango, qui a quitté l’Université Harvard en 2019 pour rejoindre le Biozentrum de l’Université de Bâle, en Suisse. Son programme de recherche se spécialise sur l’aspect spatial des ‘omics’ et vise à caractériser l’organisation nucléaire et la biologie de la chromatine au cours du développement, ainsi que dans un contexte de maladie. Les travaux de la Dre Sawh sont soutenus par une subvention de projet SPARK du Fonds national suisse pour la recherche scientifique (FNS) et par une bourse d’excellence pour chercheurs juniors de l’Université de Bâle. Ses découvertes ont été publiées dans de nombreux journaux de haut calibre tels que Molecular Cell, Cell Reports et Nature Ecology and Evolution. La Dre Sawh contribue à d’innombrables sphères de la communauté scientifique, à titre de conférencière, d’enseignante, de réviseure, de mentor, d’organisatrice d’événements et de membre de société.