Biologie moléculaire et génomique fonctionnelle
Le plateau de biologie moléculaire et de génomique fonctionnelle offre une gamme de services combinant conseils et accès à des techniques de pointe afin de répondre aux besoins d'analyses de gènes : séquençage Sanger pour l'identification de séquences et la détection de mutations, génotypage analyse de fragments par fluorescence pour la recherche de transgènes et SNPs, séquençage haut-débit, sur séquenceur Hi-Seq 2500 d’Illumina (génome entier, exome capture; ChIP Seq, METHYL Seq, FAIRE Seq, ATAC Seq; RNA Seq (brin spécifique), microRNA, RIP Seq), contrôle qualité d’échantillons acides nucléiques, instrumentation dédiée.
Instrumentation et services
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Séquençage par la méthode de Sanger
Séquençage de plasmides, cosmides, BACs et produits PCR, pour des lectures de 250pb à 1,000 pb; utilisation de la chimie BigDyeV3.1 (ThermoFisher); amorces universelles disponibles. Instrument : 3500xl Genetic Analyzer – 24 capillaires – 50 cm (ThermoFisher)
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Génotypage
Analyse de fragments de PCR fluorescents (entre 150 pb et 1,200 pb) par electrophorèse capillaire; Instrument : 3500xl Genetic Analyzer – 24 capillaires – 50 cm (ThermoFisher). Présence-Absence de transgenes; Instrument : Q-PCR ViiA 7 (ThermoFisher).
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Séquençage haut débit
Étude du génome (génome entier, exome capture; Methyl-Seq; ChIP-Seq, FAIRE-Seq, ATAC-Seq), étude du transcriptome (RNA-Seq brin spécifique : enrichissement mRNA ou depletion rRNA; RIP-Seq; Small RNA), développement possible de protocoles sur demande. Instrument : HiSeq 2500 d'Illumina.
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Contrôle qualité d’échantillons acides nucléiques
ARN : détermination de la quantité et de l’intégrité (RNA Integrity Number - RIN); ADN : détermination de la taille et quantification de fragments de PCR ou issus de fragmentation (shearing), validation de librairies. Instrument : 2100 Bioanalyzer (Agilent).
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Instrumentation disponible : Q-PCRs
Deux instruments : ViiA-7 de ThermoFisher – avec tiroirs pour plaques 384, 96 puits et cartes microfluidiques de 384 réactions.
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Instrumentation disponible : Ultra-Sonicateur
Instrument : Covaris E220; technologie Adaptive Focused Acoustic (AFA) pour une fragmentation constante et reproductible; sonication de chomatine ou d’ADN avec microtubes 6x16 mm (volumes de 50 ou 130µl) ou millitubes tubes12x12 mm (volume 1ml).
Informations supplémentaires sur le plateau
Téléchargez la documentation de présentation du plateau en biologie moléculaire et génomique fonctionnelle afin de connaître l’entièreté des services et équipements disponibles.